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3分纯生信SCI发了有啥用?

污小贼 小张聊科研 2019-06-30

这不开学了嘛,我们实验室来了一个新生,一个呆萌小师妹,跟以前的我刚来实验室一样一样的,喜欢问各种科研问题,非常好学,为这样好学的自己和这样好学的师妹点赞。正像对生物信息、数据挖掘接触不多的小白一样,师妹问“发3分的生信文章有啥用啊?单位认可吗?”

在大数据的时代,只顾着啃文献,吭哧吭哧培养细胞做WB,不花点时间了解一点数据挖掘,显得有点落伍了,因为生信文章单位既认可,也是非常重要的科研工作的一部分了。

(一)数据挖掘帮你找靶标分子

说到生物信息学的目的和模式,小编不由得想到了2个比较生活化的大数据挖掘的经典案例,想必大家也都知道。

Google成功预测冬季流感:2009年,Google通过分析5000万条美国人最频繁检索的词汇,和2003年到2008年间季节性流感传播时期的数据进行比较,成功预测了2009冬季流感的传播。

啤酒和尿布:这个想必大家都听说过,就是Walmart利用同一个采购订单上出现的商品名称进行关联,发现啤酒喝尿布同时出现的频率更高,于是就把啤酒和尿布放在一起促进销售。

同样滴,生物信息学在对高通量工具得到的蛋白质、基因、RNA等表达差异的数据进行分析,可以帮助你我找到要研究的目标新分子。

(二)生信文章模式有迹可循

生物信息学的目的是寻找有表达差异的新分子、调控方式,例如疾病状态下的差异表达的非编码RNA,或者某个基因改变引起了哪些基因的DNA甲基化现象等,这对于确定下一步的研究计划、申请科研资助都有非常重要的帮助,那么不做实验,临床方向的生信文章有没有模式可以参考呢?

污小贼总结如下,仅供参考。

找新分子有哪些策略?

可以查阅文章(策略篇)千里挑一:挑选差异基因的七点策略 


然后咱们啪啪啪地来两篇文章消化一下这个模式。

1.结直肠癌中miRNA、转录因子、基因的调控关系网络,BMC Bioinformatics (IF=2.5)

单位:南方医科大南方医院

和CRC有关的基因数据来自于TCGA、CGC、OMIM数据库;和CRC有关的miRNA数据来自于miR2Disease、PhenomiR2.0、HMDD2.0,使用miRanda和TargetScan获得miRNA、TF、基因之间的调控关系谱,统计工具为R语言软件,可视化展示用的是Cytoscape,以下为逻辑示意图以及结果。


2.成胶质细胞瘤中CXCR4的低表达、基因甲基化水平的预后分析,ExpertReview of Neurotherapeutics (IF=3.1)

单位:首都医科大

成胶质细胞瘤芯片数据:GEO、TCGA→R2、UCSC Xenabrowser→差异基因筛选→CXCR4表达和甲基化的预后分析

UCSC


 你说文章一发,你还愁毕不了业、加薪、下一步没有分子可以做实验吗?


文中提及的一些工具使用方法参考以下文章:


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